本部源自「空軍機械學校」及「空軍通信電子學校」所隸之學生大隊，機校於民國25年3月16日創校於江西南昌，民國37年冬遷台岡山。通校於民國33年1月1日創校於四川成都，民國37年遷台岡山。民國85年8月1日配合國軍兵力整建及人員精簡，兩校倂編成立「空軍航空技術學校」，兩大隊改編為學生一大隊及學生二大隊。民國91年8月1日改制為「空軍航空技術學院」後，兩大隊合併為「學員生指揮部」。

　　本部下轄十七個中隊，分設於本校介壽、巨輪校區，任務係依教育計畫，遂行接訓本軍軍士官基礎、進修暨專業專長教育班次及義務役暨志願士兵專長訓練；負責全體學員生行動思想、生活、紀律、軍事等教育訓練及考核，培養術德兼備之幹部，以滿足本軍專業技勤人才需求。